中医信息学研究中心的前身中医学信息研究室成立于1992年，其基础是任廷革研究员从1985年开始的一系列中医学信息研究实践。
研究中心自组建以来，一直以中医智能研究、中医药数据处理、中医教育技术的研发、中医药信息共享与服务为主要研究方向。并始终追逐国内外计算技术的发展趋向，先后利用数据库技术、智能决策技术、多媒体技术、网络技术等信息高新技术，组织各级课题30余项，其中主持国家级科研项目6项、省部级科研项目7项。
经过近30年科研实践经验和成果的积累，在如下几个方面具有优势：
① 我中心是少数几个最早进行中医智能研究实践的单位之一，1989年论文“Research and Development of Traditional Chinese Prescription Intelligent Analysis Support System”在第六届世界医学信息学大会上宣读。在这一研究基础上我们率先实现了基于权重的行业知识的量化计算和表达，在突破基于“频次”的量化计算的局限，为更新、更深入的挖掘计算提供可靠的量化数据方面，具有创新意义。
② 在全面整理、系统分析、规律研究、知识发现为目标的建库思路指导下，对数据库系统结构进行了合理设计，根据中医药文献的特点，采用“全文解析、主题标引”的数据处理方案，使数据在具备一致化语法结构的基础上，实现了数据在语义上的一致，为基于数据库技术的挖掘创造了必备的条件，且系统具有可拓展性，在中医药界诸多的数据库中，这样程度的全文信息处理系统仍处在领先的水平。
③ 在计算技术的整合方面成功地实践了多个“结合”：把“数据解析”和“主题集合”结合起来，解决了数据任意提取和数据轻度集合的挖掘问题；把“专业知识”和“数学模型”结合起来，解决了人的“经验”在“知识”层面的解读问题；把“基于频次”和“基于权重”的计算结合起来，解决了中医学知识的形式化和量化的提取问题；把“有监督”与“无监督”的数据结合起来，提升了数据挖掘结果的客观性和可靠性；把“数据库技术”与“人工智能技术”结合起来，解决了不同方法挖掘结果的比较和验证问题；把“近似推理技术”与“机器学习技术”结合起来，优势互补，解决了深度挖掘方案的优化问题。
④ 在中医理论的研究方面结合知识图谱技术，注重知识的解析与知识间的联系，与内经教研室和电子科技大学合作开发了“中医经典理论及临床数据化协作研究平台”。该系统在对临床数据的采集分析及文献查阅、标注的基础上，通过统一的数据处理架构，实现理论文献知识与临床数据信息的整合，同时引入定量及定性的研究方法，为中医经典文献及理论的研究提供定量及定性分析功能。
中心从2008年以来，在北京市中医局“薪火传承3+3工程”项目的支持下，还承担了“任应秋名家研究室”挂牌建设的任务，以任应秋学术研究与传承及获取标志性成果为目标，整理和出版了任应秋全集，并组织研究和撰写了任应秋传记及学术年鉴等，更多相关的工作在扎实有序的进行中。任应秋研究室最终的功能目标，是构建一个具有学术研讨、经验交流、人才培养、信息共享的实体与虚拟现实结合的综合平台。
中心在开创性的科研实践中，注重对中医学信息理论和学术的探讨。近10年来先后在橙子视频 学报、中医教育、中国中医药信息杂志、中华医学信息导报、辽宁中医、世界科学技术（中药现代化）、海南师范大学学报、中南大学学报、中医基础医学、中国医学影像技术、湖南中医药导报、中国中医药远程教育、中医药管理、科技导报、中国科学（信息科学）等发表学术论文50余篇；多次参加国内外学术会议；2003年还主编出版了《中医信息学》，并在橙子视频 开设选修课程。